Σειρά από ρατσιστικά εγκλήματα σε βάρος μεταναστών έχουν κοινό σημείο τους το Α.Τ Ομόνοιας. Η περίπτωση του Εμπούκα, Νιγηριανού μετανάστη που πέθανε στο τμήμα και όπως καταγγέλλεται από την Αφρικανική Κοινότητα μεταναστών στην Ελλάδα, δολοφονήθηκε από την αστυνομική βία, προστίθεται σε πολλές ακόμη ανάλογες υποθέσεις του παρελθόντος.

Από τη δεκαετία του 1990 υπάρχουν αναρίθμητες καταγγελίες για την κατάφωρη παραβίαση ανθρώπινων δικαιωμάτων και ειδικά σε βάρος μεταναστών.

Επί είκοσι τουλάχιστον χρόνια το Α.Τ Ομόνοιας ταλαιπωρεί ανθρώπους με βάση το χρώμα και την καταγωγή τους.

Τον Αύγουστο του 1999 ο Συνήγορος του Πολίτη διαπίστωνε μετά από αυτοψία στον χώρο, ότι στο Αστυνομικό Τμήμα Ομονοίας παραβιάζονται κατ επανάληψη τα ανθρώπινα δικαιώματα των κρατουμένων και ιδίως των μεταναστών.

Λίγο καιρό νωρίτερα είχαν υπάρξει επίσης καταγγελίες για διαφθορά. Το 1997 ο τότε διοικητής του ΑΤ Ομονοίας, αστυνομικός του ίδιου τμήματος και σύμβουλος του υπουργείου Δημοσίας Τάξεως παραπέμφθηκαν για παροχή προστασίας σε οίκο ανοχής που λειτουργούσε στην οδό Αριστοτέλους.

Στις 20 Νοεμβρίου του 2006 μετανάστης προσήχθη στο Αστυνομικό Τμήμα Ομονοίας. Αν και αφέθη ελεύθερος την ίδια μέρα, στη διάρκεια της παραμονής του στο αστυνομικό τμήμα δεν του επιτράπηκε να δει συγγενικά του πρόσωπα. Η σύζυγός του υποστήριξε ότι έφερε τραύματα. Στις 22 Νοεμβρίου αποβίωσε.

Στις 19 Δεκέμβρη του 2006 ο μετανάστης από το Πακιστάν Αλί Ζιαράτ, κατήγγειλε ότι σε μπλόκο αστυνομικών του ΑΤ Ομονοίας έχασε τα λεφτά του δώρου του, 420 ευρώ, τα οποία κατά την σωματική έρευνα του τα κράτησε ο ένας εκ των δύο αστυνομικών και δεν του τα επέστρεψε.

Τον Ιούνιο του 2007 ήρθε στη δημοσιότητα βίντεο που έδειχνε εξευτελισμό αλλοδαπών από αστυνομικούς του ΑΤ Ομονοίας. Το περιστατικό είχε λάβει χώρα ένα χρόνο πριν.

Ακολούθησε δίωξη σε βάρος του αρχιφύλακα και απόταξη. Οκτώ χρόνια αργότερα, το 2015, το Ελληνικό Δημόσιο κατέβαλε αποζημίωση πάνω από 150.000 ευρώ στα δύο θύματα. Κάτι που ωστόσο δεν εμπόδισε το Α.Τ να συνεχίσει να λειτουργεί όπως πριν.